Lúc 10h00 ngày 09/3/2016, gia đình chủ tàu bị nạn nhận được thông tin từ 05 tàu cá cùng Tổ đội (KH91827TS, KH96615TS, KH96389TS, KH96968TS, KH95499TS) đã đến khu vực tàu bị chìm lúc 18h00 ngày 08/3 tổ chức tìm kiếm phát hiện xác tàu bị nạn tại 16007’N-113012’E (cách Đông Nam đảo Linh Côn/QĐ Hoàng Sa khoảng 42 hải lý), nhưng chưa tìm thấy 05 ngư dân của tàu bị nạn.
Văn phòng Ủy ban Quốc gia TKCN tiếp tục có Công văn số 01/09/03/VP ngày 09/3/2016 yêu cầu: Ban Chỉ huy PCTT&TKCN tỉnh Khánh Hòa, BTM Bộ đội Biên phòng, Trung tâm phối hợp TKCN hàng hải Việt Nam, Quân chủng Hải quân, BTL Cảnh sát biển tiếp tục kết nối liên lạc, thông báo và huy động các phương tiện hoạt động gần khu vực đến tìm kiếm cứu nạn 05 ngư dân bị nạn trên.
12h25 ngày 09/3, Bộ Quốc phòng đã chỉ đạo Quân chủng Hải quân điều tàu 628 xuất phát tham gia tìm kiếm cứu nạn các ngư dân tàu cá KH 96640 TS. Dự kiến 10h00 ngày 10/3, sẽ đến hiện trường.